Ribonuclease R(Rnase R) 核酸外切酶

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商品介紹：

RNase R 來源于 E.coli，通過基因工程重組表達(dá)，該酶為 Mg2+依賴的 3’-5’核糖核酸外切酶。其可消化所有線性 RNAs 底物，但不能消化環(huán)狀 RNA(circular RNA)、套索 RNA(lariat RNA)、雙鏈 RNA、3’突出端<7nt 的雙鏈RNA。本酶可高效的去除不含二級(jí)結(jié)構(gòu)的線性 RNA，從而純化獲得環(huán) RNA 分子，用于后續(xù) RNA-sequencing 等實(shí)驗(yàn)。

活性定義：在 20 mM Tris-HCl(pH7.5)，100 mM KCl，0.5mM Mg2+條件下, 37°C 下水解 1 μg 的 poly-r(A)產(chǎn)物，所需酶量為 1 個(gè)活性單位。10xRNase R Buffer：200 mM Tris-HCl, 1 M KCl，5 mM
MgCl2，pH7.5
酶儲(chǔ)存液：20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 1 mM DTT ,50% Glycerol, 0.1% (w/v) Tween-20, pH 7.5。
儲(chǔ)存：置于-20°C 可保存 3 年，避免反復(fù)凍融。
使用方法
1. 配制反應(yīng)體系
RNA 1-10 μg
10xRNase R Buffer 2.5 μl
Rnase Inhibitor (40 U/μl) 0.5 μl
RNase R (20 U/μl) 1-2 μl
DEPC-treated Water up to 25 μl
2. 37℃孵育 30-60min，反應(yīng)完畢后可加入 5 mM EDTA終止反應(yīng)。
使用注意事項(xiàng)：
(1) 在 total RNA 的消化中，由于含有二級(jí)結(jié)構(gòu)較多的RNA，如 tRNA、rRNA、dsRNA 等，RNase R 對(duì)該類底物消化活性大幅下降，此時(shí)需要延長消化時(shí)間至 2h，并在 1h 時(shí)補(bǔ)加 RNase R 進(jìn)行消化。必要時(shí)將反應(yīng)溫度提高至 45℃，以打開含有二級(jí)結(jié)構(gòu)的 RNA 分子。
(2) 對(duì)于含有 highly structured 的 RNAs，RNase R 仍然無法消化， 稍后將推出 5’-3’的核糖核酸外切酶以解決此類問題。
(3) 據(jù)其它文獻(xiàn)報(bào)道，在含有 highly structured 的 RNAs，可放大反應(yīng)體積至 50 μl，可降低二級(jí)結(jié)構(gòu)的影響，從而促進(jìn) RNA 的降解。
(4) 高溫和長時(shí)間的孵育，可能導(dǎo)致 RNA 的非酶性斷裂（水分子的 H+對(duì)二酯鍵的攻擊）。因此，消化時(shí)間、反應(yīng)溫度均需要根據(jù)特定的實(shí)驗(yàn)進(jìn)行優(yōu)化和調(diào)整。
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