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膜的清洗方法可分為二類：物理、化學。

1、物理法

物理清洗是用機械方法從膜面上脫除污染物，這些方法包括：正方向沖洗法、變方向沖洗法、反壓沖洗法、振動清洗法、排氣沖水法、空氣噴射法、二氧化碳清洗法和自動海綿球清洗法等，其中變方向沖洗法是物理清洗法中Z為有效的清洗方法。

2、化學法

化學清洗通常使用化學清洗劑進行清洗，如稀酸、稀堿、酶、表面活性劑、結合劑等。酸類清洗劑，可以溶解除去礦物質及DNA。檸檬酸、EDTA之類化學劑可用于除垢和堿性污染物。Biz、Uitrasol 之類去垢劑可有效去除生物污染。

有時針對某種特殊的污染物或污染狀況，要使用RO 藥劑制造商的化學清洗藥劑，并且在應用時，要遵循藥劑供應商提供的產品性能及使用說明。特殊情況下可針對具體情況，從反滲透裝置取出已發生污染的單支膜元件進行測試和清洗試驗，以確定合適的化學藥劑和清洗方案。使用化學法清洗時，使用的化學藥劑必須與膜材料相容，并嚴格按膜生產廠提出的條件(壓力、溫度PH 和流速)進行清洗，防止膜發生不可逆損傷。

3、增加預防性清洗

反滲透膜系統運行一段時間后，會在膜表面形成一些結垢性物質，但沒有達到清洗條件時，膜表面的結垢物質成為晶體生長的晶核，晶體生長速度加快，反滲透的各段壓差增長較快。預防性清洗可以保持膜表面的清潔度，并降低濃差極化的影響。

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