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1、溫度：溫度對厭氧微生物的影響尤為顯著；厭氧細菌可分為嗜熱菌（或高溫菌）、嗜溫菌（中溫菌）；相應地，厭氧消化分為：高溫消化（55°C左右）和中溫消化（35°C左右）；高溫消化的反應速率約為中溫消化的1.5~1.9倍，產氣率也較高，但氣體中甲烷含量較低；當處理含病原菌和寄生蟲卵的廢水或污泥時，高溫消化可取得較好的衛生效果，消化后污泥的脫水性能也較好；隨著新型厭氧反應器的開發研究和應用，溫度對厭氧消化的影響不再非常重要（新型反應器內的生物量很大），因此可以在常溫條件下（20~25°C）進行，以節省能量和運行費用。
2、pH值和堿度：pH值是厭氧消化過程中的Z重要的影響因素；重要原因：產甲烷菌對pH值的變化非常敏感，一般認為，其Z適pH值范圍為6.8~7.2，在<6.5< span="">或>8.2時，產甲烷菌會受到嚴重抑制，而進一步導致整個厭氧消化過程的惡化；厭氧體系中的pH值受多種因素的影響：進水pH值、進水水質（有機物濃度、有機物種類等）、生化反應、酸堿平衡、氣固液相間的溶解平衡等；厭氧體系是一個pH值的緩沖體系，主要由碳酸鹽體系所控制；一般來說：系統中脂肪酸含量的增加（累積），將消耗 ，使pH下降；但產甲烷菌的作用不但可以消耗脂肪酸，而且還會產生 ，使系統的pH值回升。堿度曾一度在厭氧消化中被認為是一個至關重要的影響因素，但實際上其作用主要是保證厭氧體系具有一定的緩沖能力，維持合適的pH值；厭氧體系一旦發生酸化，則需要很長的時間才能恢復。
厭氧生物處理的主要特征
1、厭氧生物處理過程的主要優點：
① 能耗大大降低，而且還可以回收生物能（沼氣）；
② 污泥產量很低；——厭氧微生物的增殖速率比好氧微生物低得多，產酸菌的產率Y為0.15~0.34kgVSS/kgCOD，產甲烷菌的產率Y為0.03kgVSS/kgCOD左右，而好氧微生物的產率約為0.25~0.6kgVSS/kgCOD。
③ 厭氧微生物有可能對好氧微生物不能降解的一些有機物進行降解或部分降解；④ 反應過程較為復雜——厭氧消化是由多種不同性質、不同功能的微生物協同工作的一個連續的微生物過程；
2、厭氧生物處理過程的主要缺點：
① 對溫度、pH等環境因素較敏感；
② 處理出水水質較差，需進一步利用好氧法進行處理；
③ 氣味較大；
④ 對氨氮的去除效果不好；等等
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