流體方面
液體含有均勻分布細小氣泡通常不影響正常測量，惟所測得體積流量是液體和氣體兩者之和時，由于氣泡增大會使輸出信號波動，若氣泡大到流過電極遮蓋整個電極表面，使電極信號回路瞬時斷開，輸出信號將產生更大波動。
兩種或兩種以上液體作管道混合工藝時，若兩種液體電導率（或各自與電極章電位）有差異，在混合未均勻前即進入流量傳感器進行流量測量，輸出信號亦會產生波動。
低頻（50/16～50/6Hz）矩形勵磁電磁流量計測量液體中含有固體超過一定含量時將產生漿液噪聲，輸出信號亦會有一定程度波動。
電極材質與被測介質選配不善，產生鈍化或氧化等化學作用，電極表面形成絕緣膜，以及電化學和極化現象等，均會妨礙正常測量。
管道系統和安裝等方面
通常是電磁流量計傳感器安裝位置不正確引起的故障，常見的有將流量傳感器安裝在易積聚潴留氣體的管網高點；流量傳感器后背壓，液體徑直排入大氣，形成其測量管內非滿管；裝在自上向下的垂直管道上，可能出現排空等原因。
環境方面
主要是管道雜散電流干擾，空間電磁波干擾，大電機磁場干擾等。管道雜散電流干擾通常采用取良好單獨接地保護可獲得滿意測量，但如遇管道有強雜散電流（如電解車間管道）亦不一定能克服，須采取流量傳感器與管道絕緣的措施。空間電磁波干擾一般經信號電纜引入，通常采用單層屏蔽予以保護，但也曾遇到屏蔽保護還不能克服。
