在實際應用中，影響臭氧消毒效果的因素主要有以下幾方面：
1、臭氧投放量。在一個車間內，如果臭氧的投放總量達不到預定數值，那么這個車間內的臭氧濃度也達不到要求的標準，消毒效必然受影響。在計算臭氧投放量時，必須考慮臭氧在輸送過程中的損耗、其他空間的占用、門窗泄露等綜合因素，同時，也必須保證所選用的臭氧發生器能夠達到設計要求的臭氧產量。
2、臭氧投放的均勻度。在被消毒車間內，必須保證所有部位的臭氧濃度都能夠達到設計標準，否則，在臭氧濃度低的區域，消毒果就會差。為此，在設計消毒方案時，必須周密考慮車間結構、臭氧投放方式、臭氧消毒機性能等因素。特別是選用獨立式臭氧消毒機時，臭氧發生器必須具有較強的遠距離投送臭氧的能力，否則距離臭氧消毒機較遠的地方沒有臭氧到達，消毒效果就無法保證。
3、臭氧消毒的時間。在車間內臭氧濃度達到要求后，如果消毒時間不夠，消毒效果也會受影響，所以必須保證消毒時間。
4、臭氧消毒機的性能。如果臭氧消毒機的穩定性較差，在使用到一定時間后，臭氧產量就會急劇減少，會嚴重影響消毒效果。同時，在對長度較大的車間消毒時，獨立使用的臭氧消毒機必須具有較強、較遠的臭氧輸送能力。
5、其它。車間內環境溫度、濕度、粉塵土、設備數量、密封程度、空氣潔凈度等，都會影響臭氧的消毒效果。
