構建好噬菌體展示文庫后，可以通過連續的幾輪親和篩選，快速地分離出具有新的核酸結合特性的多肽異變體。這可以很方便地通過如下方法得以實現：針對固定在鏈親和素（streptavidin）包被的基質上的、合成的*標記的DNA或RNA靶標，對文庫進行鑒定。未結合的克隆被洗滌下來，而篩選出的克隆則被保留、洗脫，然后通過一個細菌宿主進行擴增。通過改變結合及洗滌的條件，可以產生具有不同親和性的一系列多肽。此外，可溶性DNA（或RNA）競爭劑的使用，可以使對具有預定結合特性的變異體的篩選，針對某一個序列而不是另外一個。

● *連接的DNA或RNA寡核苷酸靶標
● DNA退火緩沖液（2X儲液）：40mmol/L Tris—HCl，200 mmol/LNaCl，pH 8．0
● RNA折疊緩沖液（1XCM）：50mmol/L二甲身酸銨（ammonium cacodylate），2mmol/LMgCl2，pH 6．5
● 2XTY培養基
● 四環素
● 鏈親和素包被的免疫管（或微孔板）（Roche Molecular Biochemicals）
● 磷酸鹽緩沖液（PBS）（10X儲液）：80g/L NaCl，2g/L KCl，11.5g/L Na2HP04·7H20，2g/LKH2P04
● 1mol/L ZnCl2（用于鋅指結構域文庫的篩選）
● 凍干的脫脂牛奶（Marvel；Premier Brands UK Ltd．）
● Tween-20
● 10mg/ml超聲破碎的鮭魚精（salmon sperm）DNA
● 0．1mol/L三乙醇胺（triethanolamine）
● lmol/L Tris—HCl，pH 7．4
● 大腸桿菌F’菌株，如TGI
● M9小化瓊脂培養基：6．0g/LNa2HP04，3．0g/LK2HP04，L0g/LNh4cl，0．5g/L NaCl；高壓滅菌后加入：1.0ml/L的lmol/L MgS04， 2．0g/L 的葡萄糖，0．1ml/L的lmol/L CaCl2，1.0ml/L的1mol/L硫a-HCl，15．0g/L瓊脂
● TYE瓊脂培養基