水體污染治理是水產(chǎn)養(yǎng)殖中zui為頭疼的難題之一。*，用物理的方法(如打撈)雖可清除部分污染物，但對氨氮、亞硝酸鹽等化學污染物以及禽畜糞便等的處理難以奏效。化學方法又易造成二次污染。近年來，能夠“吃"污的微生物控制污染技術逐漸受到重視，并在污水處理等領域得到廣泛應用。

    微生物制劑對環(huán)境沒有危害，同時還能促進生物鏈的形成。集約化高密度養(yǎng)殖所產(chǎn)生的魚類排泄物以及未經(jīng)處理的養(yǎng)殖廢水和工業(yè)廢水污染引起病害的面積在水產(chǎn)養(yǎng)殖中占總養(yǎng)殖面積的15％～20％，這些水體氨氮濃度升高，造成水體富營養(yǎng)化，反過來制約魚類生產(chǎn)。為減少氨氮污染帶來的危害，常用的加注新水、臭氧氧化等方法不僅有很大的局限性，脫氨效果并不理想，不能從根本上解決問題。因此，改善水產(chǎn)養(yǎng)殖水域環(huán)境已成為養(yǎng)殖業(yè)可持續(xù)發(fā)展的關鍵技術。

    水產(chǎn)微生物制劑可迅速降解水體中的殘存飼料、魚類的糞便及其它有機物，特別是清除池塘水體底部，能有效避免固體有機物和有害物質的積累。這些藻類為主的浮游植物所產(chǎn)生的光合作用，又為池塘中的水產(chǎn)動物提供氧氣，從而形成池塘良性的生態(tài)循環(huán)。促使有益微生物的大量繁殖，在池塘內(nèi)形成優(yōu)勢種群，可抑制病原微生物的繁殖，減少疾病的發(fā)生。

    目前國內(nèi)有益微生物在水產(chǎn)的應用日益被重視，國內(nèi)獨立開發(fā)的主要是一些單一菌株，如光合細菌、芽孢桿菌、蛭弧菌等；復合制劑主要是仿制或引進國外的商品。