電解法
電解法二氧化氯：即電解食鹽生成二氧化氯，因為食鹽的低廉，因此該方法初期合算，但是存在以下問題：
電解設備后期維護費高昂。電極放電會引起爆槽：電解槽的正負極一般都是從上插入食鹽水中，在電解過程中，電解產生的氫氣和水蒸汽會含帶食鹽一道從食鹽水中揮發出來，造成液面上的電極結鹽，電極間距很小，結鹽會造成電極短路、打火花，引起可爆氣體爆槽，許多電解法次氯酸鈉設備都發生過此事故。而電極棒更換一次的費用差不多就要5000-6000元。
電解法主要生成的是次氯酸鈉和CL2，生成的二氧化氯很少，而且容易生成三鹵甲烷類等多種致癌化合物。
用電成本高。電流效率低，所用食鹽沒有可能像電化廠的電解操作一樣，先將食鹽凈化，除去鈣、鎂、硫酸根等雜質離子，這些雜質離子在電極間反復放電，消耗電能，造成電解過程電流效率很低，用電成本大。
化學法
化學法二氧化氯：即氯酸鈉和鹽酸反應生成二氧化氯，此方法前期也較為合算，但有以下缺點：
購買前需審批。氯酸鈉和鹽酸作為危化品，使用前需要去政府部門備案審批，流程復雜。
采購中運輸不便。氯酸鈉和鹽酸作為危險化學品，政府部門管制嚴格，采購不易，運輸也不方便。
采購后存儲不便。氯酸鈉和鹽酸要分兩個倉庫存儲，如果管理不善，發生爆炸，將會造成重大安全事故，給單位造成無法估量的損失。
制備人員高要求。制備過程中設備會生產刺激性氣體，制備人員需嚴格遵循制備流程，人員工作過程中需戴高質量防毒面具。
對制備設備高要求。化學法二氧化氯制備一般采用高純度二氧化氯發生器，如果設備不達標，在制備過程中混合生產的其他化學物質，極易造成設備爆炸。
制備流程嚴格。兩者反應需要一定的反應時間，而且水消毒過程中對水溫、水中Ph值等都有非常嚴格的要求，一旦稍有誤差，就會造成氯酸鈉和鹽酸的浪費，反應不充分，更容易產生三鹵甲烷等“三致"副產物，會對飲用水源造成二次污染，留下了巨大安全隱患。
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