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微生物處理技術在生活污水處理中的應用已經非常成熟并且全面普及，但是在工業污水的處理中還存在著一定的技術問題。相對于生活污水來說，工業污水的成份要復雜的多，大多數工業污水的COD值都相當高，可生化性差，這就給微生物處理帶來了相當大的難度，有些工業污水甚至還有很高的氨氮指標，增加了微生物處理的難度。
但是微生物技術的許多優勢注定了它將是工業污水治理的一個方面，而且目前已經有很多行業的工業污水開始采用微生物處理技術并且得到了穩定的運行數據。
這里主要講述關于污水中重金屬的處理。目前可用的微生物法有生物吸附法、硫酸鹽還原菌凈化法和利用微生物的轉化作用去除重金屬。
工業廢水是水體污染的主要污染源。包括鋼鐵工業廢水，食品工業廢水，印刷廢水，化工廢水等。隨著工業化的發展，含有重金屬離子的廢水產生量越來越多。重金屬離子已成為重要、常見的污染物之一。由于重金屬在生物體內的富集、吸收與轉化，從而通過食物鏈危害人體健康。如致癌、致畸等，故而處理重金屬污染刻不容緩。
但這些細菌屬在污水廠中是否具有原位脫氮的活性卻很少被知道．在一個補充以甲醇作為還原碳化物的脫氮沙濾中，使用特異FISH探針監測到有大量數目的P．spp和H．spp；而在沒有附加甲醇的非脫氮沙濾中，兩屬存在的數目都低于總細胞0．1％ ，這間接證明了在脫氮過程中有兩屬的活性參與。
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