由于大多數原代細胞適宜的pH為7.0~7.4，偏離此范圍可能對細胞生長將產生有害的影響。但各種細胞對pH的要求也不*相同，原代培養的細胞一般對pH變動耐受力差，無限細胞系耐受力強。因此，原代培養時，培養液中的緩沖系統就顯得較為重要。一般的細胞培養基采用的都是平衡鹽系統，但不同的培養基或是同一系列的培養基所用平衡鹽系統不同，如199系列培養基、MEM系列培養基均有Hanks′系統的培養基及Earle′s系統的培養基。但是有些培養基不是上述常規的平衡鹽系統，例如RPMI1640培養基、F12培養基。MEM低血清培養基的平衡鹽系統也不是常規的平衡鹽系統，該平衡鹽系統的緩沖能力強于常規平衡鹽系統的緩沖能力，選擇合適的緩沖系統具有重要的作用。
在配制細胞培養液時，新配制的培養基在經過0.10um或0.22um濾膜過濾時，溶液的pH會向上浮動0.2左右。
原代細胞培養過程中pH值下降產生的原因較多。在細胞生長非常快時，pH值通常下降得很快，此時可以通過及時傳代、提高傳代比例或降低血清量等方法進行解決。此外，培養瓶蓋擰得過緊、NaHCO3緩沖系統緩沖能力不夠、培養液中鹽濃度不正確、細菌、酵母或真菌污染等也能導致pH值通常下降得很快。這時，可以通過以下幾種方法解決：
1) 按培養液中NaHCO3濃度增加或減少培養箱內CO2濃度，NaHCO3含量在2.0g/L到3.7g/L之間時對應的CO2濃度為5％到10％；
2) 改用不依賴CO2培養液；
3) 松開瓶蓋1/4 圈。在培養液加HEPES緩沖液至10到25mM終濃度；
4) 在CO2培養環境中改用基于Earle′s鹽配制的培養液，在大氣培養環境中培養改用Hanks′鹽配制的培養液；
5) 原代細胞如果是污染造成的則丟棄培養物或用抗生素除菌。