大多數科學家們都認為來自于個人自身組織的重編程細胞系能夠被安全地移植到同一個體體內并能避免排斥反應。新一項小鼠實驗中證實將誘導多能干細胞（iPSCs）分化生成的多種組織移植至動物體內會產生快速的免疫排斥反應，即便iPSCs的起源細胞來自于移植小鼠本身。這一研究結果或將對再生醫學領域造成巨大的震動。

    具體過程是研究人員將小鼠的胚胎干細胞和小鼠iPS細胞移植到了提供起源細胞的小鼠體內。研究人員發現移植的胚胎干細胞在小鼠體內形成了畸胎瘤。然而相比之下，由于受到宿主免疫系統的免疫攻擊或免疫排斥，大部分的iPS細胞未能在小鼠體內形成畸胎瘤。

    研究人員發現相對于胚胎干細胞形成的畸胎瘤，由iPS形成的畸胎瘤中的某些基因呈高水平表達。其中的Zg16及 Hormad1兩個基因的異常表達可直接導致遭受特異的免疫攻擊。研究人員表示這些基因在正常情況下處于關閉狀態直至胚胎開始對自身組織形成免疫耐受為止，如此就能確保它們不會被宿主所識別。而iPS的重編程程序有可能改變了這些基因的正常表達。

    長久以來，科學家們在開展iPS研究的過程中把iPS衍生獲得的終末分化細胞例如神經細胞或心肌細胞移植到小鼠體內，證實它們不會引起免疫排斥（但事實上其中的大部分實驗都是在缺乏功能性免疫系統的小鼠上開展的）。并且科學家們在設計治療方案時大多是提出每次將一種由患者自身皮膚細胞生成的分化細胞移植回患者體內，而非畸胎瘤中混雜的多種分化細胞。

    研究人員并不清楚純化的iPS衍生分化細胞是否會受到免疫排斥，或是這一類問題是否僅特異地存在于未分化細胞中。

    然而研究中采用的iPS細胞系來源于胚胎皮膚細胞，而非成人皮膚細胞。或許相對于成體細胞，不成熟的皮膚細胞更有可能啟動免疫反應。此外目前尚不清楚畸胎瘤中哪種細胞引起了免疫排斥，以及人類細胞是否會以相同的方式產生反應。有生物學家認為這一研究或有可能引發科學界對于iPS細胞源性患者特異性移植產生更多的監管憂慮。
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