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細胞株測序的技術要求

時間:2017-12-25閱讀:96
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細胞株進行單個分離、研究、和比較有助于細胞異質性和基因組不穩定研究。Z常見的單細胞測序應用是在腫瘤研究領域。哈佛大學終身教授、美國科學院院士謝曉亮教授是單細胞測序其中一種技術路線的人。

2015年謝教授課題組在單細胞全基因測序研究領域曾取得重要進展,利用“eWGA”擴增方法,大幅提高了擴增的均勻性和準確性,可同時檢測出單細胞中的小片段拷貝數變異和高精度的單核苷酸變異,該方法還具有基因組的高覆蓋率,有效降低外源污染。  

這是一項經過改良的單細胞全基因組擴增(whole-genome amplification,WGA)方法,被稱為“通過轉座子插入的線性放大(Linear Amplification via Transposon Insertion,LIANTI)”。利用Tn5轉座子(含T7啟動子)隨機將DNA切碎,使得DNA樣本得以線性放大。

WGA是單細胞測序技術的關鍵。目前的WGA技術方法仍存在一些局限性,比如準確度、基因拷貝數空間分辨率、保真度都有待提高。

為了應對這些問題,不僅需要從技術改進下手,謝教授課題組還提出了“構建無偏見細胞基因組文庫(making an unbiased library)”的概念
研究還發現,細胞株基因組中所觀察到的主要的胞嘧啶到胸腺嘧啶(C-T)的突變,通常起因于人工進行的細胞裂解操作,這一操作導致了胞嘧啶的脫氨基作用。至于如何改善這種不可避免的誤差。研究人員提出可以通過與同類細胞的序列進行比較得以修正。本篇報道已鑒定出單個人類細胞的SNVs頻譜,揭示了SNVs在全基因組內的非隨機分布。
250克    MHB    用于抗菌素藥物敏感性試驗    MH肉湯
250    Martin Broth ,Modified    用于菌苗及生物制品霉菌無菌檢驗    改良馬丁液體培養基   
250    BCYE Agar(Legionella Agar)    用于軍團菌的選擇性分離培養(OXOID方法)    BCYE 瓊脂(Legionella 瓊脂)
0.5ml*20    Rabbit  Plasma    用于金黃色葡萄球菌凝固酶試驗    兔血漿  
250    Sodium lurite Broth Base    用于金黃色葡萄球菌的增菌培養。每100ml培養基需另加入1%亞碲酸鈉1ml    亞碲酸鈉肉湯培養基基礎   
250    Beisachang Sodium lurite Broth Base    用于金黃色葡萄球菌的增菌培養。每100ml培養基需另加入1%亞碲酸鈉0.2ml    北沙參亞碲酸鈉胨水培養基基礎
250    Broth Medium    用于金黃色葡萄球菌的增菌培養(SN標準)    普通肉湯培養基     
細胞株

 

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