線粒體在細胞凋亡檢測的過程中起著樞紐作用，細胞凋亡刺激因子均可誘導不同的細胞發生凋亡，而線粒體跨膜電位的下降，被認是細胞凋亡級聯反應過程中早發生的事件，它發生在細胞核凋亡特征（染色質濃縮、DNA斷裂）出現之，旦線粒體DYmt崩潰，則細胞凋亡不可逆轉線粒體跨膜電位的存在，使一些親脂性陽離子熒光染料如Rhodamine 123、3，3-Dihexyloxacarbocyanine iodide[DiOC6（3）]、Tetrechloro-tetraethylbenzimidazol carbocyanine iodide[JC-1]、Tetramethyl rhodamine methyl ester(TMRM)等可結合到線粒體基質，其熒光的增強或減弱說明線粒體內膜電負性的增高或降低。
方法：將正常培養的細胞和誘導凋亡的細胞加入使用終濃度為Rhodamine 123（1mM）或終濃度為DiOC6（25nM），JC-1（1mM），TMRM（100nM），37°C平衡30min，流式細胞計檢測細胞的熒光強度。
注意事項：
1． 細胞凋亡檢測始終保持平衡染液中pH值的一致性，因為pH值的變化將影響膜電位。
2． 與染料達到平衡的細胞懸液中如果含有蛋白，他們將與部分染料結合，降低染料的濃度，引起假去極化。
 艾滋病病毒IgG    小鼠巨噬炎性蛋白1β(MIP-1β/CCL4)
 氨基末端激酶2IgG    小鼠巨噬來源的趨化因子(MDC/CCL22)
 氨基末端激酶3IgG    小鼠巨噬集落刺激因子(M-CSF)
 氨肽酶NIgG    小鼠解整合素樣金屬蛋白酶9(ADAM9) 
 按蚊IgG    小鼠解整合素樣金屬蛋白酶8(ADAM8)
 白介素10IgG    小鼠解脲脲原體(UU-Ab) 
 白介素11IgG    小鼠結合珠蛋白/觸珠蛋白(Hpt/HP)
 白介素12IgG    小鼠角化內分泌因子(KAF)/雙調蛋白(AR) 
 白介素13IgG    小鼠角化內分泌因子(KAF)/雙調蛋白(AR)
細胞凋亡檢測