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各國猴痘病毒基因測序結果匯總:大規模社區傳播需引起警覺

時間:2022/5/30閱讀:432
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截至目前,葡萄牙、比利時、美國、荷蘭、意大利、西班牙、法國等多國的研究團隊發布猴痘病毒基因測序報告,根據測序報告和進化樹對比,表明猴痘可能已經在歐洲發生了大規模的社區傳播。
各國猴痘基因組測序情況匯總如下圖:

報告時間國家測序平臺測序方法平均測序深度結果

519

葡萄牙
Oxford Nanopore
MinION
NQ法宏基因組測序7基因進化樹分析草案顯示,分離出來的病毒與2018年和2019年從尼日利亞傳播到英國、以色列和新加坡的病毒有密切關系

523


葡萄牙

Illumina
高通量NQ法宏基因組測序法201(平均)這次多國猴痘暴發很可能只有一個源頭,迄今為止公布的所有BD基因序列都緊緊聚集在一個分支上(美國公布的病毒基因組序列(MPXV_USA_2022_MA001)相比較)
519德國Illumina

該菌株分類為西非分支,與最近來自歐洲和美國的菌株相關

520

比利時
Oxford Nanopore
MinION
非靶向宏基因組18.9比利時猴痘病毒基因組(ITM_MPX_1)也屬于猴痘病毒的西非分支,與最近上傳的葡萄牙疫情基因組關系最為密切
520美國Oxford Nanopore
MinION


僅僅公布猴痘患者所攜帶病毒的基因測序結果

526

荷蘭

Oxford Nanopore
MinION

10病毒在進化樹上與此前葡萄牙團隊公布的基因組樣本極為相似,與關系最為密切的一份葡萄牙樣本相比,只出現了2個單核苷酸多樣性位點(SNP s)

527

意大利

Illumina

19獲得的基因組屬于MPXV的西非分支,與最近從葡萄牙疫情上傳的基因組關系最為密切,這進一步證明了歐洲的大規模社區傳播

527

西班牙

Illumina

77該病毒基因組同屬猴痘病毒西非進化支,與關系最密切的葡萄牙一支序列相比,單核苷酸多樣性位點(SNPs)小于4個,與德國序列相比,單核苷酸多樣性位點(SNPs)2

528

法國

Illumina
宏基因組下一代測序950相較于2018年在英國發現的猴痘病毒基因,這四份病毒基因樣本出現了46個單核苷酸多態性位點((SNPs)3個缺失


上述的測序結果都表明:本輪猴痘疫情爆發極有可能來自一個源頭,都屬于西非分支;同時,猴痘在歐洲已經出現大規模社區傳播。
目前多個國家通過社交應用程序、社交媒體醫療服務機構等多種渠道提醒,大規模社區傳播需引起警覺。

北京百奧創新科技有限公司提供基因測序服務,助力猴痘病毒基因組測序,歡迎咨詢。


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