1、 樣品失真或不見。

例如：H2O氣使氯硅樣品水解。

2、 色譜柱失效。

如H2O，CO2使分子篩柱失掉活性，H2O氣使聚脂類固定液分化，O2使PEG固定液斷鏈等。

3、 有時某些氣體雜質和固定液相互作用而發生假峰。

4 、對色譜柱保存特性的影響。

如H2O對聚乙二醇等親水性固定液的保存指數會有所增加，載氣中氧含量過高時，無論是極性或對錯極性固定液柱的保存特性，都會發生改變，運用時刻越長影響越大；

5、 對檢測器的影響。

例如熱導檢測器（TCD）信噪比減小，無法調零，線性變窄，文獻中的校對因子不能運用，氧含量過大，使元件在高溫時加快老化，削減壽數。火焰離子化檢測器（FID）在Dt≤1×10-11/S下操作時，CH4等有機雜質會使基流激增，噪聲加大不能進行微量分析。

6、對測試結果影響。

例如在做程序升溫操作時，載氣中的某些雜質，在低溫時保存在色譜柱中，當柱溫升高時不光致使基線漂移，還能夠在譜圖上呈現比較寬的“假峰”。

7、對儀器的影響。

導致各類過濾器加快失效，調理閥被污染，氣阻阻塞，調理精度下降或失靈；氣路體系被污染，儀器靈敏度恢復成本高，污染嚴重時靈敏度將無法恢復。低純度氣體攜帶的水蒸汽會嚴重影響分析結果，甚至影響檢測器的壽命。