偏光顯微鏡被廣泛地應用在礦物、化學等領域，在生物學和植物學也有應用。例如：在植物學方面，如鑒別纖維、染色體、紡錘絲、淀粉粒、細胞壁以及細胞質與組織中是否含有晶體等。醫學上的應用則是用偏光顯微鏡檢查關節液中的結晶，檢驗淀粉我們都知道可以用碘液染色來確定，但使用偏光顯微鏡，不用染色就可以確定是不是淀粉了。這是馬鈴薯的淀粉粒，只要切一小片馬鈴薯，然后在載玻片上涂抹，滴一滴水制成水埋玻片就可以觀察了。在低倍下，沒有染色只是一般的顆粒。

　　一般淀粉呈白色或類白色，不溶于*、乙醇、丙酮等有機溶劑，也不溶于冷水。淀粉是以顆粒狀態存在于胚乳細胞中，不同來源的淀粉其形狀、大小各不相同，應用顯微鏡觀察可以區別不同的淀粉或確定未知試樣的種類。淀粉顆粒的形狀大致可分為圓形、橢圓形和多角形3種。一般水分高，蛋白質含量少的植物淀粉顆粒較大，多呈圓形或橢圓形，如馬鈴薯淀粉;反之顆粒較小，呈多角形，如米淀粉。在400～600倍顯微鏡下觀察，可以看到有些淀粉表面有輪紋，與樹木的年輪相似，馬鈴薯淀粉輪紋極明顯。

　　不過只要旋轉偏光片，世界就不一樣了，淀粉粒上會出現十字，這個十字有特殊的名字，稱為馬耳他十字(MalteseCross)，十字的交點就在淀粉粒的臍。這個馬耳他十字可是有歷史的。再放大一點，可以看見淀粉粒上的環紋，中心點就是臍的位置。