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在生活中水的應用非常廣泛，而現在水質的問題日趨嚴重。想要了解水質變化的具體情況，檢測水中微生物是一種比較直觀的方法，因為水污染產生的大量有機物質能培養處各種微生物。另外生活中如果無法對水中微生物進行有效檢測，就會造成一些健康問題。尤其是一些食品行業，水中微生物的來源有很多種，其中主要來源于人或動物糞便污染的水體，從而引起可能導致腸道傳染病的傳播，造成更大的健康隱患，另外水體中微生物過多是也會造成藻類大量生長，造成水中氧氣量不足,導致魚蝦因缺氧死亡。因此要定時的對水中微生物進行檢測。 

水質中微生物的測試主要針對常見及致病的幾種，例如總腸菌群、糞大腸菌群、大腸埃希氏菌、腸球菌、綠膿假單胞菌、隱孢子蟲、菌落總數等，主要是為了防止微生物過多對水質產生影響，不用的行業對于水質中微生物檢測指標要求也不一樣。

目前檢測水質微生物的主要方法可分為多管發酵法和酶底物法這兩種，多管發酵法是使用相應的培養液在36攝氏度的環境中，對采集樣品進行初步發酵實驗，接著進行平板分離和復發酵實驗得到最終的結果。而酶底物法是利用微生物所產生的β2酶分解產生的物質，使培養液所呈現的顏色來確定水中是否含有相應的微生物。其中多管發酵法的優勢在于沒有雜菌污染，微生物檢測結果相對準確，而酶底物法的優勢在于操作簡單，對于環境要求不高，檢測范圍相對較廣以及時間短等優勢。