采集水樣應注意無菌操作，以防止雜菌混入。取水樣時，選用帶有防塵磨口瓶塞的廣口瓶。對于用氯氣處理過的水，取樣前在每500ml的水樣中加入2ml的1.5%的溶液。

在取自來水時，水龍頭嘴的里外都應擦干凈。再用酒精燈灼燒水龍頭滅菌，然后把水龍頭打開，放水5min~10min后再將水龍頭關小，采集水樣。這樣的取樣方法能確保供水系統的細菌學分析的質量，但是如果檢測的目的是用于追蹤微生物的污染源，建議還應在龍頭滅菌之前去水樣或在龍頭的里邊和外邊用棉拭子涂抹取樣，以檢測龍頭自身污染的可能性。

從水庫、池塘、井、河流等處取水樣時，用無菌的器械或工具拿取瓶子和打開瓶塞。應先將無菌取樣器浸入水下1cm~15cm處（井水則在水下50cm深處采樣），然后掀起瓶塞采集水樣。流動水區應分別采取靠岸邊及水流中 心的水。如果不具備適當的取樣儀器或臨時取樣工具，只能用手操作，但取樣時應特別小心，防止用手接觸水樣或取樣瓶內部。

（8）空氣樣品的采取

空氣的取樣方法，有直接沉降法和過濾法。

在檢驗空氣中細菌含量的各種沉降法中，平皿法是早的方法之一，到目前為止，這種方法在判斷空氣中浮游微生物分次自沉現象方面仍具有一定的意義。平皿法就是將瓊脂平板或血液瓊脂平板放在空氣中暴露一定時間，然后37℃培養48h，計算所生長的菌落數。