科學施肥指導意見是測土配方施肥技術專家組在發布的三大糧食作物區域大配方與施肥建議的基礎上，根據秋冬季主要農作物需肥特點，以測土配方施肥項目成果為主要依據研究制定的。它針對華北平原灌溉冬小麥區、華北雨養冬麥區、長江中下游冬小麥區、西北雨養旱作冬小麥區、長江流域冬油菜以及蘋果、柑橘、梨、桃、香蕉、荔枝、茶樹、蔬菜、馬鈴薯等秋冬季主要作物分類提出了施肥原則，并結合不同區域的土壤特點、不同作物的種植模式和目標產量，分區域、分品種提出了相應的施肥數量、比例及注意事項。

測土配方施肥技術專家組建議，各地要圍繞“促增產、提效率、保安全”三大目標，本著“增產施肥、經濟施肥、環保施肥”相統一的理念，因地制宜確定本區域主要作物經濟合理施肥量，優化肥料養分配比，選擇適宜施肥時期，改進施肥方式方法，保障作物穩產高產，提高肥料利用效率。同時，要堅持科學施肥與培肥地力相結合，鼓勵增施有機肥料，推廣秸稈還田，種植和利用綠肥，改良土壤和培肥地力，提高土壤綜合產出能力。