厭氧反應器作為一種處理有機廢水與有機廢物的生物處理裝置，和傳統好氧反應器相較而言，有著不一樣的優勢，當然也存在一定的局限性。

先看優勢方面，厭氧反應器處理高濃度有機廢水的能力十分出色。由于厭氧微生物生長速率較為緩慢，在厭氧環境下，有機廢水能得到更為高效的降解，這使得厭氧反應器可容納高濃度有機廢水。對于含有難降解有機物質的廢水，厭氧反應器堪稱理想的處理設備。

再者，在處理含硫化物、氮化物等物質的廢水時，厭氧反應器比好氧反應器更具適配性。厭氧微生物能在缺氧條件下，將硫化物轉化為硫，把氮化物轉化成氮氣，有效降低了廢水中這類有害物質的排放。這一特性對于特定的廢水處理流程意義重大，像含有硫化物的工業廢水以及富含氨氮的養殖廢水處理，厭氧反應器都能發揮關鍵作用。

另外，能耗低與污泥產生量少也是厭氧反應器的長處。因其無需通過通風等手段為微生物生長提供氧氣，所以能耗維持在較低水平。并且，鑒于厭氧微生物生長速率慢，厭氧反應器所產生的污泥量相對較少，既削減了處理過程中的成本，又減輕了后續處理流程的負擔。