高效液相色譜儀作為一種高精密儀器，如果在使用過程中不按照正確操作的話，就容易導(dǎo)致一些問題。
　　1.氣泡
　　但時(shí)常HPLC導(dǎo)液管中會(huì)有氣泡存在，這會(huì)造成色譜圖上出現(xiàn)尖銳的噪聲峰，嚴(yán)重時(shí)會(huì)造成分析靈敏度下降；氣泡變大進(jìn)入流路或色譜柱時(shí)會(huì)使流動(dòng)相的流速變慢或不穩(wěn)定，使基線起伏。造成影響上述問題現(xiàn)象的主要分析原因有三條：一是企業(yè)流動(dòng)相溶液中往往因溶解有氧氣或混入了一個(gè)空氣而形成氣泡；二是管理系統(tǒng)設(shè)計(jì)開始進(jìn)行工作時(shí)未能將流路中的空氣驅(qū)趕干凈；三是在注入樣品時(shí)不注意混入了中國空氣。
　　為了避免這類問題的出現(xiàn)，HPLC實(shí)際分析過程中必須重視對流動(dòng)相進(jìn)行脫氣處理；在HPLC系統(tǒng)開始工作前，可以用注射器連接恒流泵的排空閥，抽入流動(dòng)相，將流路中的空氣驅(qū)趕干凈；在注入樣品前注意排出樣品注射器中的空氣。
　　2.柱溫
　　在操作HPLC時(shí)，色譜柱是在室溫環(huán)境下工作的。大多數(shù)工作環(huán)境的溫度是不斷變化的，溫差會(huì)引起更復(fù)雜的問題。溫度的影響在所有的色譜分析方式中都是存在的，本文就來討論液相色譜方法中的梯度洗脫方式受溫度影響的問題。
　　等度洗脫時(shí)溫度會(huì)影響保留時(shí)間，當(dāng)溫度升高時(shí)所有的色譜峰都前移了，等度洗脫時(shí)一般溫度每升高１℃，保留時(shí)間會(huì)縮短（1~3）％。溫度變化對梯度洗脫和等度洗脫的影響趨勢相同。溫度環(huán)境變化對梯度進(jìn)行洗脫的影響要小于一個(gè)對等度洗脫的影響。即使如此，如果梯度洗脫不控制溫度，保留值一般會(huì)有較大的變化。溫度變化也可能導(dǎo)致選擇性的顯著變化。
　　正如柱不平衡導(dǎo)致保留時(shí)間重現(xiàn)性差，柱溫不平衡導(dǎo)致不良后果，尤其是峰寬。當(dāng)溫度的變化加上選擇性和保留時(shí)間的變化，峰寬也會(huì)發(fā)生變化。升高溫度通常會(huì)使學(xué)生理論塔板數(shù)升高，峰寬變窄，由于峰面積不變，峰越窄就會(huì)越來越高，因此不斷升高溫度變化可以通過達(dá)到一個(gè)更小的檢測限。
　　柱子里的溫度變化也會(huì)影響峰形。當(dāng)柱與流動(dòng)相之間的溫差增大時(shí)，由于溫度不平衡引起的峰值變形加劇。

　　為了得到一致的結(jié)果，我們必須控制塔溫，使用塔溫箱是一種較好的方法。如果沒有柱溫箱，比較有效的辦法是將色譜柱隔離在溫度波動(dòng)小的地方。