PCR反應引物的延伸：

      DNA模板-引物復合物在Taq DNA聚合酶的作用下，以dNTP為反應原料，靶序列為模板，按堿基配對與半保留復制原理，合成一條與模板DNA鏈互補的新鏈。引物延伸溫度的選擇取決于DNA聚合酶的最適溫度, 一般為70～75℃。延伸所需要的時間取決于模板DNA的長度。一般在72℃條件下，Taq DNA聚合酶催化的合成速度大約為40～60個堿基/秒,其速度取決于緩沖溶液的組成、ph值、鹽濃度與DNA模板的性質。

      PCR的三個反應步驟反復進行，使DNA擴增量呈指數上升。反應最終的DNA擴增量可用Y＝（1＋X）n計算。

      Y代表DNA片段擴增后的拷貝數，X表示平（Y）均每次的擴增效率，n代表循環次數。平均擴增效率的理論值為100%。反應初期，目的DNA片段的增加呈指數形式，隨著PCR產物的逐漸積累，被擴增的DNA片段不再呈指數增加，而進入線性增長期或靜止期，即出現“停滯效應"，這種效應稱平臺效應。

PCR擴增產物可分為長產物片段和短產物片段兩部分。引物如果跟原始DNA模板結合，從3'端開始擴增延伸，其產物的5'端是固定的，3'端則沒有固定的止點，長短不一，這就是“長產物片段"。引物如果是以新合成的DNA鏈（即“長產物片段"）為模板擴增時，模板的5'端序列是固定位置的，即新合成延伸鏈的3'端是固定的，使新合成DNA鏈的起點和止點都限定于引物擴增序列以內、形成長短一致的“短產物片段"。由于新合成的DNA鏈在下一個循環反應中可以作為引物結合擴增的模板，“短產物片段"是按指數倍數增加。而原始DNA模版的量是固定的，“長產物片段"只按算術倍數增加，在最終PCR中的含量幾乎可以忽略不計。

    一般PCR反應包括上述變性-退火-延伸三個溫度點。但在擴增某些較短目標序列（長度為100～300bp時）時，可采用二溫度點法，即把退火與延伸溫度合二為一。