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當引物二聚體形成時，如果使用與 DNA 雙鏈結合的染料，在 NTC 反應中也可觀察到熒光信號。無論是基于探針還是雙鏈 DNA 結合染料的反應，在存在污染物的情況下，也可看到晚期擴增。A是擴增曲線B是溶解曲線。如果在每一個 NTC 反應里都出現擴增，很可能是其中一種或兩種試劑被污染了。可采用以下步驟防止或去除污染。
1、使用干凈的工作臺，用帶核酸降解試劑的的溶液擦抹工作臺面。
2、 用帶 dUTP 和 UDG 的反應預混液降解來自前序 PCR反應的產物，防止前序 PCR 反應的污染。
3、 用新的反應管通過置換不同來源的試劑，發現出現問題的試劑。
4、 在條件允許的情況下，在不同的實驗地點建立反應，尤其是當應用質粒作為對照時 (質粒可以被很容易擴散并且難以去掉)。
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