細胞系檢測方法主要包括以下幾種：

1.光學顯微鏡和倒置顯微鏡

(1)未染色細胞：凋亡細胞的體積變小、變形，細胞膜完整但出現發泡現象，細胞凋亡晚期可見凋亡小體。貼壁細胞出現皺縮、變圓、脫落。

(2)染色細胞：常用吉姆薩染色、瑞氏染色等。凋亡細胞的染色質濃縮、邊緣化，核膜裂解、染色質分割成塊狀和凋亡小體等典型的凋亡形態。

2.熒光顯微鏡和共聚焦激光掃描顯微鏡

一般以細胞核染色質的形態學改變為指標來評判細胞凋亡的進展情況。常用的DNA特異性染料有：HO33342(Hoechst 33342)，HO33258(Hoechst 33258)和DAPI。這些染料與DNA的結合是非嵌入式的，主要結合在DNA的A-T堿基區。紫外光激發時發射明亮的藍色熒光。Hoechst是與DNA特異結合的活性染料，儲存液用蒸餾水配成1mg／ml的濃度，使用時用PBS稀釋成終濃度為2～5mg／ml。DAPI為半通透性，儲存液用蒸餾水配成1mg／ml的濃度，使用終濃度一般為0. 5～1mg／ml。

Hoechest 33258是膜透性的，因此在活細胞時候能輕松進入；DAPI是半透性的，有選擇性地進入細胞。因此Hoechest 33258一般用來染活細胞，可以直接進入細胞；DAPI一般是染固定細胞。兩者都可以用紫外線看，參見以下的激發發射波長：Hoechst 33258的Z大激發波長為346nm，Z大發射波長為460nm；Hoechst 33258和雙鏈DNA結合后，Z大激發波長為352nm，Z大發射波長為461nm。DAPI的Z大激發波長為340nm，Z大發射波長為488nm；DAPI和雙鏈DNA結合后，Z大激發波長為364nm，Z大發射波長為454nm。

吖啶橙是Z經典的靈敏的熒光染料，它可通過與DNA和RNA的連接堿基對和磷酸鹽基團結合，使細胞中的DNA和RNA同時染色而顯示不同顏色的熒光。吖啶橙在稀溶液中呈綠色；在濃溶液中，由于出現二聚體和多聚體而呈現橙紅色。由于DNA是高度聚合物，吸收熒光物質的位置較少，故發綠色熒光：而RNA聚合度低，能和熒光物質結合的位置多，故發紅色熒光。在熒光顯微鏡下，細胞核DNA為黃綠色均勻熒光，細胞質和核仁的RNA為橘黃或橘紅色熒光。出現細胞凋亡時，細胞核或細胞質內可見致密濃染的黃綠色染色，或核染色呈新月形聚集于核膜一邊；晚期可見黃綠色圓形小體，即凋亡小體。細胞壞死時，細胞質內黃綠色或橘黃色熒光均可減弱或消失。

結果評判：細胞凋亡過程中細胞核染色質的形態學改變分為三期：Ⅰ期的細胞核呈波紋狀或呈折縫樣，部分染色質出現濃縮狀態；aⅡ期細胞核的染色質高度凝聚、邊緣化；bⅡ期的細胞核裂解為碎塊，產生凋亡小體。

3.透射電子顯微鏡觀察

凋亡細胞體積變小，細胞質濃縮。凋亡Ⅰ期的細胞系核內染色質高度盤繞，出現許多稱為氣穴現象的空泡結構；Ⅱ期細胞核的染色質高度凝聚、邊緣化；細胞凋亡的晚期，細胞核裂解為碎塊，產生凋亡小體。
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